Le proteine sono formate da 20 lettere-monomeri differenti: gli aminoacidi. I 20 aminoacidi condividono una struttura generale comune. Ognuno ha però delle caratteristiche differenti: alcuni sono acidi, altri basici, alcuni hanno affinità per l’acqua, altri no. Un modello facile per pensare alle proteine è quello della lingua italiana. In italiano esistono 20 lettere dell’alfabeto che come i 20 aminoacidi possono venir unite in sequenze lineari differenti a formare un numero pressoché illimitato di parole. Consideriamo una parola di sei caratteri e chiediamoci quante parole differenti possiamo formare con le 20 lettere dell’alfabeto. Se ogni posizione potesse essere occupata da una qualsiasi lettera dell’alfabeto (quindi accettando anche parole come ZXCVBN) con venti lettere si potrebbero formare ben 206 (64 milioni) parole differenti. Nella lingua italiana il numero è ovviamente molto più limitato perché la maggior parte delle soluzioni (proprio come ZXCVBN) non hanno alcun significato.
Possiamo pensare alle proteine come parole estremamente lunghe. Considerando una lunghezza media di 300 aminoacidi/lettere, in teoria si possono costruire 20300 possibili proteine differenti. Un numero enorme! Come per le possibili parole, anche la maggior parte di queste possibili proteine non esistono in natura. O non sono mai state scritte o la selezione naturale le ha scartate perché non FANNO /servono a nulla o sono addirittura tossiche. Fare proteine, come ogni cosa, costa energia. Molta energia! E la cellula non può spendere troppa energia in cose inutili.
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